В структуре три отделения:

1. Отделение общей патологии, обеспечивающее достоверные статистические данные причин смерти, проведение клинико-патологоанатомических конференций в медицинских организациях города, патологогистологические исследования операционного и биопсийного материала.

Заведующая отделением Асанова Гюльнара Нуриденовна; врач высшей квалификационной категории, кандидат медицинских наук, отличник здравоохранения. Общий стаж работы – 31 год. Стаж на руководящей должности – 12 лет. В 2007 году защитила диссертацию на тему «Экспериментальное обоснование судебно-морфологической оценки поражений почек при отравлениях пиретроидом «Каратэ». Награждена Почётной грамотой Президента Республики Казахстан Н.А. Назарбаева, Почетной грамотой акима города Астаны И. Тасмагамбетова.

2. Отделение детской патологии, обеспечивающее установление причин младенческой и детской смертности, проведение клинико-анатомических конференций в стационарах, патологогистологические исследования операционного и биопсийного материала.

3. Организационно-консультативное отделение с архивом стеклопрепаратов, блоков и медицинской документации; оказывающее консультативную помощь внутри отделений и клиник города. 

Заведующая организационно-консультативным отделением Коос Ольга Викторовна, врач высшей квалификационной категории, отличник здравоохранения. Общий стаж работы – 19 лет. Стаж на руководящей должности – 14 лет.